Higienizacja – często niedoceniana faza, która ma jednak kluczowe znaczenie w leczeniu wczesnych etapów chorób przyzębia. Jej celem jest profesjonalna eliminacja płytki nazębnej wykonywana w gabinecie stomatologicznym. W jej skład wchodzą: indywidualny instruktaż, eliminacja tzw. zachyłków jatrogennych, skaling naddziąsłowy polegający na usunięciu z powierzchni korony zęba biofilmu bakteryjnego, kamienia nazębnego i osadów.
Faza niechirurgiczna – jej zadaniem jest uzyskanie powierzchni zębów wolnej do drobnoustrojów i ich metabolitów, aby połączyć tkankę łączną i nabłonkową z cementem korzeniowym. Pomocny jest tu skaling, który usuwa z korzenia zęba biofilm bakteryjny, kamień i osad. Powszechnie stosowany jest również zabieg root planingu polegający na usunięciu z powierzchni korzenia martwego i zakażonego cementu. Natomiast by usunąć kamień poddziąsłowy, martwy cement korzeniowy oraz zmieniony nabłonek wewnętrznej ściany kieszonki przyzębnej i tkanki ziarninowej stosowany jest kieretaż.
Faza korekcyjna – prowadzi do przywrócenia korzystnego mikrośrodowiska, poprawy anatomii zębów i przyzębia, a przy zastosowaniu technik regeneracyjnych do odbudowy zniszczonych tkanek i przywrócenia estetycznego uśmiechu. Następuje ona 6 tygodni po działaniu niechirurgicznym. Jeśli stwierdzone zostaje jedynie nieznaczne spłycenie kieszonek przyzębnych, istnieje potrzeba wzbogacenia fazy korekcyjnej o odpowiednie procedury chirurgiczne – działania regeneracyjne. W fazie tej wykonywane są również zabiegi odpowiedniej rekonstrukcji lub rehabilitacji protetycznej, korekty wady zgryzu lub leczenie ortodontyczne.
Faza paliatywna – ma na celu eliminację lub kontrolę czynników wpływających na rozwój choroby dziąseł i przyzębia. Na każdej wizycie wykonywane jest badanie i powtórna ocena postępu choroby, zabieg niechirurgiczny, zaleczenie aktywnych zapalnie kieszonek oraz polerowanie powierzchni zębów.
