Wykonanie resekcji nie jest standardowym zabiegiem, jaki wykonuje się przy każdym leczeniu kanałowym. Muszą być co do niego konkretne wskazania lekarskie. Jednym z nich jest duży stan zapalny w kości wokół zęba. Najczęściej spowodowany jest on tym, że ząb w przeszłości leczony był kanałowo i nie było to wykonane prawidłowo. Kanał mógł wówczas zarosnąć na tyle, że nie da się go udrożnić i jedyną opcją jest wykonanie resekcji. 

Innym powodem, dla którego warto rozważyć zabieg jest pozostawione złamane narzędzie przy wierzchołku w kanale. Kiedy próba wyjęcia go skończy się niepowodzeniem, wówczas należy odciąć część korzenia, aby wygoić stan zapalny i móc przeleczyć ząb kanałowo.